L'histoire prend donc place dans ce qu'on pourrait appeler "l'après vie" et l'on suit donc les aventures du protagoniste Otonashi. Celui-ci, ayant perdu tout souvenir de sa vie antérieure, se retrouve dans une école à mi-chemin entre vie terrestre et paradis où les étudiants apprennent à se séparer de leurs attachements pour pouvoir enfin accéder au paradis. Otonashi fait alors la rencontre d'une jeune fille nommée Yuri et se retrouve engagé dans l'organisation (club ?) qu'elle dirige dans le but de combattre Dieu, j'ai nommé le SSS (Shinda Sekai Sensen). Ligne de Front de l'Après-vie. De son côté, le conseil des étudiants, présidée par une certaines Tenshi, tente de maintenir le statut quo et s'oppose donc au SSS